Kök, genellikle bitkinin toprak altında kalan kısmıdır. Kökün temel görevleri; toprağa bitkiyi bağlamak, topraktan su ve mineralleri alarak bitkinin diğer kısımlarına taşınmasını sağlamak, besin maddelerini depolamak ve bazı bitki hormonlarını sentezlemektir.
Bitkilerde başlıca iki tip kök sistemi bulunur. Bunlar kazık kök ve saçak kök sistemidir. Kazık kök yapısında tek bir ana kök, dikey yönde çok iyi gelişmiştir. Ana kökten çıkan çok sayıda ve az gelişmiş olan yan kökler bulunur. Kazık kök; çam, söğüt, gül, havuç, şeker pancarı, sardunya, lahana, bakla, gelincik, düğün çiçeği, papatya, bamya, fasulye vb. bitkilerde bulunur.
Havuç, şeker pancarı vb. bitkilerin köklerinde besin depo edilir. Bu nedenle depo kazık kök olarak isimlendirilir. Saçak kök yapısında ise ana kök gelişmemiştir. Dallanmış çok sayıda ince, uzun kökler bulunur. Saçak kök, genelde toprak yüzeyine yakın yerlerde bulunur. Toprağa iyice yayılarak bitkinin sıkıca tutunmasını sağlar.
Örneğin çim bitkisinin saçak kök sistemi, toprağı sıkıca tutarak erozyona karşı koruma sağlar. Soğan, çuha çiçeği, çilek, pırasa, nohut, buğday, arpa, yulaf, mısır bitkilerinin kökleri saçak köke örnektir.
Bitkilerin kök ucuna yakın kısımlarında kök emici tüyü denilen yapılar bulunur. Kök emici tüyleri, kök yüzeyindeki bazı epidermis hücrelerinin dışarıya doğru tüp şeklinde oluşturduğu sitoplazma uzantılarıdır. Bitkinin kök yüzey alanını arttırarak su ve minerallerin emilmesini sağlar. Ayrıca topraktan emilen suyun mineral içeriğini kontrol edip zararlı olanların hücreye girişini engeller.
Bir bitkinin kökünün boyuna kesitine bakıldığında kökü en dıştan saran örtü dokusu epidermistir. Epidermis ile merkezî silindir arasında kalan bölgede temel doku bulunur. Temel dokuda parankima hücreleri yer alır. Temel doku ile merkezî silindir arasında tek sıra olan ve temel dokunun en iç tabakasını oluşturan yerde endodermis bulunur. Endodermis, minerallerin iletim dokusuna seçilerek geçişini kontrol eder.
Kökün merkezî kısmında ise ksilem ve floemden oluşmuş merkezî silindir bulunur. Merkezî silindirde ksilem ve floem dışında, endodermisin iç tarafında periskl denilen bir yapı bulunur. Periskl, meristematik özellik taşıyan, tekrar bölünebilen hücrelerden oluşmuştur ve yan kök oluşumunu sağlar.
Kök ucunda bulunan uç meristem kökün boyuna uzamasını sağlar. Uzama bölgesinin sonunda kaliptra bulunur.
Bitkinin kökünden enine kesit alındığında dıştan içe doğru üç kısım görülür: En dışta örtü doku olan epidermis tabakası bulunur. Orta kısımda temel doku bulunur. Parankima hücrelerinden oluşur ve korteks adını alır. Korteksin en iç bölümündeki hücreler endodermis tabakasını meydana getirir. Endodermisin altında iletim doku elemanları olan ksilem ve floemin bulunduğu merkezi silindir vardır.
İletim dokunun merkezî silindirdeki dizilişi tek ve çift çenekli bitkilerde farklıdır. Tek çenekli bitkilerde kökün ortasında öz bölgesi bulunur. Ksilem ve floem bu öz bölgesinin etrafına dizilmişlerdir. Tek çenekli bitkilerde enine kalınlaşmayı sağlayan demet kambiyum yapısı yoktur. Buna kapalı iletim demeti denir.
Çift çenekli bitkilerde ise ksilem kökün merkezinde yıldız şeklinde bulunur. Floem, ksilemin yıldız şeklindeki kolları arasında yer alır. Ksilem ve floem arasında enine kalınlaşmayı sağlayan demet kambiyum yapısı bulunur. Buna da açık iletim demeti denir.
